Nahrungsmittelallergien und -unverträglichkeiten sind schwer auseinanderzuhalten, da die Beschwerden überlappen. Unverträglichkeiten bei Nahrungsmitteln sind dosisabhängig (kleine Mengen werden meistens vertragen). Sie treten bei ungefähr zehn Prozent aller Kinder auf, etwa als sogenannten Pseudoallergien: Die Symptome ähneln denen einer Allergie (Pusteln auf der Haut, Herzklopfen, Bauchbeschwerden), ohne dass das Immunsystem an der Reaktion beteiligt wäre. Auch ein Mangel an bestimmten Enzymen (körpereigenen Stoffen, die Nahrungsbestandteile aufspalten) kann zu einer Nahrungsmittelunverträglichkeit führen. Fehlt einem Kind etwa das Milchzucker spaltende Enzym Laktase, führt der Verzehr größerer Mengen Milch zu Bauchschmerzen, Blähungen und (wässrigen) Durchfällen.
Bei den viel selteneren Nahrungsmittelallergien hingegen lösen bereits winzige Mengen des Lebensmittels (etwa Kuhmilch, Hühnereier, Soja, Nüsse, Weizen, Fische oder Schalentiere) Beschwerden aus, bis hin zum lebensgefährlichen allergischen Schock. Von diesen beiden krankhaften Reaktionen zu unterscheiden sind Irritationen durch Lebensmittel, die als normal gelten, da sie bei vielen Menschen auftreten, wie beispielsweise Blähungen durch Kohl oder Reizung der Haut um den Mund durch die Säure von Tomaten oder Erdbeeren.